Bis es zur Diagnose kommt, vergeht oft ein langer Weg. Die Krankheit beginnt schleichend, ist schmerzlos und zeigt sich in so verschiedenen Symptomen, dass man vom „Chamäleon unter den Erkrankungen“ spricht. 

Schulmedizinisch wird Hashimoto in der Regel mit der Gabe von Hormon-Präparaten (Thyroxin) behandelt. Im Optimalfall werden die Schilddrüsenmedikamente langsam bis zur Wirksamkeit gesteigert – man spricht hier vom „Einschleichen eines Medikaments“. 
Eine regelmäßige Kontrolle der Blutwerte ist in jedem Fall sinnvoll, da die Erkrankung meist schubweise verläuft.

Ein Mangel an Mikronährstoffen spielt bei dieser Erkrankung eine große Rolle. An vorderster Stelle stehen Vitamin D, Selen, Magnesium und Omega-3-Fettsäuren. Auch die Ernährung hat einen entscheidenden Einfluss auf den Verlauf der Erkrankung.